Klassikaal: Les 3 BMI

Klassikaal: Les 3 BMI

Vandaag: 

- Primer design: hoe maak je primers? en hoe kies je de juiste primers?

Leerdoelen

Je kan:

• Uitleggen wat de functie is van primers in een PCR.
• Analyseren of een primer geschikt is voor PCR op basis van lengte, GC-gehalte en smelttemperaturen.
• De smelttemperatuur berekenen van een willekeurige primer.

Wie weet nog wat een primer is?

Primers

Startpunten voor het stukje wat je wilt vermeerderen in een PCR.

Voorbeeld van een reverse en forward primer

Waarom is een goede primer van belang?

Waar moet een primer aan voldoen?

Lengte	16 t/m 24 nucleotiden
GC-content	Tussen de 45-60%
Primer binding	Bindt hij aan zichzelf? (hairpin) Of aan elkaar? (primer-dimeer)
Smelttemperatuur (Tm)	Tussen 50 en 70 °C Tussen primers: niet meer dan 3 verschil.

Voorbeeld goede primer

Sleep of de kenmerk van een primer, van een goede primer of een slechte primer is.

Goede primer

Slechte primer

Een primer is 30 nucleotiden lang

De primer bestaat voor 50% uit C's en G's samen.

De smelttemperatuur van de reverseprimer is 55 °C en van de forward primer is 56 °C

De smelttemperatuur van de reverseprimer is 50 °C en van de forward primer is 56 °C

Een primer is 22 nucleotiden lang.

Smelttemperatuur primer

Te bepalen via twee formules

Wat is de smelttemperatuur van deze sequentie? Gebruik de Marmur regel.

CGGCGTATGGCTTTAGC
Om je te helpen:
A = 2 , T = 4, G = 6, C = 5.

1. 56°C
2. 50°C
3. 54°C
4. 62°C

Met RNA kan je ook een PCR uitvoeren.

Hoe zou je dat doen?

Met RNA een PCR uitvoeren

Eerst moet RNA een stukje DNA worden. Met dat DNA (copy DNA) kun je een PCR uitvoeren.

Aan de slag

Wat? Maak de zelfstandige Lesson-Up: Zelfstandig: Les 3 BMI.

Hoe? Dit doe je individueel, bij hulp vraag je het eerst je buurman/buurvrouw.

Hoelang? De hele les, op de laatste 5 minuten na.

Uitkomst? Je bent klaar met de zelfstandige LessonUp en begrijpt een PCR beter.

Klaar? Ga verder met je praktijkvoorbereiding.

Sleep of de kenmerk van een primer, van een goede primer of een slechte primer is.

Goede primer

Slechte primer

Een primer bestaat voor 10% uit G's en C's samen.

De smelttemperatuur van de reverse primer is 68 °C en van de forward primer is 71 °C

De smelttemperatuur van de reverse primer is 55 °C en van de forward primer is 56 °C

Een primer is 10 nucleotiden lang.

Een primer is 22 nucleotiden lang.

Wat is de smelttemperatuur van deze sequentie? Gebruik de Marmur regel.

ACTGACTGACTGACTGACTG
Om je te helpen:
A = 5 , T = 5, G = 5, C = 5.

1. 55°C
2. 50°C
3. 50°C
4. 60°C

Wat heb je geleerd vandaag?