Zelfstandig: Les 3 BMI

Zelfstandig: Les 3 BMI

Deze zelfstandige les bestaat uit twee delen:

- Een deel die alle studenten kunnen doen.

- Een deel voor studenten die de lesstof goed begrijpen. Die mogen oefenen met het maken van een primer.

Leg in je eigen woorden uit wat een primer is.

Zoek op: Waarom is er zowel een reverse als forward primer nodig bij een PCR?

Voor welk enzym dienen de primers als een startpunt in onze PCR?

1. Taq-polymerase
2. RNAse
3. Proteinase

Bereken met de Marmur formule de smelttemperatuur van deze sequentie.

ATCGATCGATCGATCGATGC

Bereken met de Marmur formule de smelttemperatuur van deze sequentie.

ATCGATCGATGCGATGATC

Deze tabel heb je nodig voor de volgende opdracht.

Lengte	16 t/m 24 nucleotiden
GC-content	Tussen de 45-60%
Primer binding	Bindt hij aan zichzelf? (hairpin) Of aan elkaar? (primer-dimeer)
Smelttemperatuur (Tm)	Tussen 50 en 70 °C Tussen primers: niet meer dan 3 verschil.

Sleep of de primer sequentie wel of niet een goede primer is. Let hier op de kenmerken van een goede primer.

Goede primer

Slechte primer

ATCGGATCG

ATCGATCGTACGTACGATGCTAGGCGC

ATCGATGCATGCGTACGAT

ATGCGTACGTAGCTAGCGG

ATCGTAGCTGACGTGCTAGCG

AATAATTATAAAATTTTAAGGC

Nu komen de verdiepende opdrachten. 

Als je de lesstof begrijpt, mag je hiermee doorgaan om te oefenen met het ontwikkelen van een primer.

Ga naar  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Er verschijnt een zoekbalk voor je.

Selecteer "nucleotide" bij "All databases"

Zoek op "PTC receptor homo sapiens"

Selecteer "Homo sapiens PTC bitter taste receptor (PTC) gene, PTC-non-taster allele, complete cds"

Je ziet nu een heleboel informatie over het gen.

Rechts in het balk staat er onder "Analyze this sequence" dat je primers kan maken. Klik op "Pick primers"

Nu kom je op een website waar je je eigen primers kan ontwikkelen. Dat gaan wij doen.

Bovenaan staat nu onder "Enter accession, gi, or FASTA sequence", een code, namelijk AY258598.1. Dat is de referentie naar je nucleotide sequentie. Deze hebben we straks nodig.

Onder primer parameter verander je de volgende dingen:

Verander min. Tm naar 55 en max. Tm naar 65.

Onder Primer Pair Specificity Checking Parameters doe je dit:

Bij database selecteer je "custom" en plak je de code die bovenaan stond. Namelijk: AY258598.1

Klik nu op de blauwe knop onderaan "Get primers"

Welke eerste primer paar kom je tegen?

Wat is de product lengte als je die primer paar zou gebruiken voor een PCR?

Wat heb je hiervan geleerd?

Je bent nu klaar met de theorieles.

Ga verder met je praktijkvoorbereiding: lees de praktijkvoorschriften goed door!