BMI theorieles 1

• newEditor
• Biologie
• MBO
• Studiejaar 3

BMI: achtergrondtheorie van kolonie PCR

Leerdoel

Je kan verklaren aan het einde van de les verklaren waarom bepaalde stappen (zoals koken en centrifugeren) nodig zijn.

Je kan aan het einde van de les uitleggen waarom een positieve en een negatieve controle belangrijk zijn.

Je kan aan het einde van de les de resultaten van het experiment met S. aureus en S. epidermis verklaren.

Waarom doe je een kolonie PCR?

Kolonie PCR: snelle methode om te achterhalen wat er in je plasmide zit

bv. nadat je hebt gekloneerd; zo kun je checken of je insert er echt in zit.

Verwarmen van het water vóórdat je begint

Zodat het water écht steriel is; bv. bepaalde enzymen inactief maken als die er nog in zitten.

Bacteriekolonie in het water opwarmen bij 95 C

Bacterie lyseren zodat het plasmide vrij komt

Afdraaien en supernatant eraf pakken

Alle celresten blijven in het pellet zitten; het plasmide zit in het supernatant. Om, zover het kan, "zuiver" DNA te krijgen.

Waarom verwarm je je bacteriekolonie in het water op bij 95 graden?

A

Zodat Taq polymerase beter kan werken

B

Om je bacteriën open te breken zodat het DNA vrij komt

C

Zodat het bacteriekolonie in tact blijf en gebruikt kan worden voor PCR

D

Zodat het water extra steriel wordt

Negatieve & positieve controle

Positieve controle:

• Doel: Aantonen dat de PCR (en dus je mastermix) in staat is een positief resultaat te produceren.

• Hoe het werkt: Je gebruikt een monster met een bekende, verwachte uitkomst om te valideren dat je PCR en je mastermix daadwerkelijk werken.

• Voorbeeld: In een zwangerschapstest, zou een positieve controle een vrouw zijn waarvan 100% bekend is dat ze zwanger is.

Negatieve & positieve controle

Negatieve controle:

• Doel: Aantonen dat de PCR (en dus je mastermix) geen vals positieve resultaten geeft; de negatieve controle moet geen resultaat geven.

• Hoe het werkt: Je gebruikt een monster waar of niks in zit of juist het tegenovergestelde zou zijn de positieve controle.

• Voorbeeld: In een zwangerschapstest, zou een negatieve controle demiwater kunnen zijn.

Waarom zijn controles belangrijk?

A

Om de resultaten onbetrouwbaar te maken

B

Om resultaten betrouwbaar te maken

C

Om je monster schoon te houden

D

Om de kosten te verhogen

Resultaten interpreteren van PCR vorige week

• Primerset 1: Staphylococcus spp. -> 370 bp

• Primerset 2: S. aureus -> 108 bp

• Primerset 3: S. epidermis -> 124 bp

Kijk naar je eigen gelen.

• Welke DNA-banden zie je voor S. aureus en S. epidermidis bij de verschillende primersets?

• Hoe groot zijn de fragmenten? Zie je wel/niet iets?

5

minute

00

second

add30s

Welke DNA-banden zie je voor S. aureus en S. epidermidis bij de verschillende primersets?

Labjournalen

Kies één experiment waar je een labjournaal voor wilt maken.

Maak dit labjournaal volgens de regels: let op, ook berekening duidelijk maken.

Stuur dit naar mij op in deze periode, in ieder geval vóór de kerstvakantie.

Ik kijk dit na zoals ze dat ook zouden controleren bij het examen.

Dit is feedback voor jezelf waar je tijdens het examen op moet letten.

Einde les