Zelfstandig: Theorie les 1 BMI

• Dierverzorging
• MBO
• Studiejaar 2

Ga naar deze website. Deze heb je nodig voor de volgende vragen.

https://www.neb.com/en/products/nucleic-acid-purification/genomic-dna-extraction-and-purification 

Op de website van New England Biolabs staan de volgende afbeeldingen. Van welke cellen gaan wij het DNA isoleren in de praktijklessen?

Sleep dit vakje naar de juiste cellen.

Op de website staat onder "featured products" twee verschillende kits. Welke kit gebruiken wij?

1. Monarch Spin gDNA Extraction Kit
2. Monarch Spin Columns S2C and Tubes

Klik op "Monarch® Spin gDNA Extraction Kit" onder "featured products". Waar staat "gDNA" voor?

Ga nu naar "Manuals", en open "manualT3010". Op bladzijde 4 staat een overzicht met alle stappen. Wat is het doel van de lysis buffer?

Zoek op internet op waarom je proteïnase K toevoegt.

Op bladzijde 5 begint er een kopje over "RNA Removal". Hoe verwijdert je RNA tijdens deze DNA isolatie?

De meeste enzymen werken het beste op 37 °C. Toch moeten we het mengsel met lysisbuffer, RNAse A en Proteinase K opwarmen tot 56 °C. Hoe komt dat?

1. Omdat RNAse A het beste werkt bij 56 °C, en proteinase K hittebestendig is
2. Omdat proteinase K het beste werkt bij 56 °C, en RNAse A hittebestendig is (tot 60 graden C)

Je voegt je binding buffer toe nadat je cellen volledig gelyseerd (kapot) zijn. Dan doe je het hele mengseltje met binding buffer in een spinkolom. Waar eindigt het DNA na het centrifugeren?

Sleep dit naar het juiste nummer.

Zoek op internet: Waarom spoelt het DNA niet van de spinkolom af tijdens de wasstappen?

In het overzicht op bladzijde 4 lees je "Pre-warmed Elution buffer". Kijk op bladzijde 5: Waarom moet je het elutiebuffer voorverwarmen?

Op bladzijde 8 van de manual heb je een tabel met allerlei monster typen en wat de verwachting is van je opbrengst (hoeveelheid DNA). Wij gaan isoleren volgens de methode "buccal swab (human)" - laatste rij. Wat is de verwachte opbrengst van het DNA?

1. 1-5 µg
2. 3-8 µg
3. 5-7 µg
4. 5-10 µg

Wij elueren het DNA met 50 µl. De minimale opbrengst is 5 µg. Wat verwacht je dat de minimale ng/µl gaat zijn?

Waarom bewaar je het DNA aan het einde op -20 graden Celcius?

1. Omdat DNA daar beter oplost
2. Omdat DNA stabieler is bij -20 °C
3. Omdat DNA daar actiever is
4. Omdat -20 °C RNA verwijdert

Je bent nu klaar met het theoretische gedeelte. 

In de volgende pagina's nog even een opfrisser over wat de verwachte 260/280 en 260/230 ratios zullen zijn van zuiver DNA.

Wanneer wordt bij een 260/280 ratio DNA "zuiver" genoemd?

1. ~1,4
2. ~1,6
3. ~1,8
4. ~2

Wanneer wordt bij een 260/230 ratio DNA "zuiver" genoemd?

1. 1,8-2
2. 2-2,2
3. 2,2-2,4
4. 2,4-2,6

Je bent nu helemaal klaar.
Ga verder met de praktijkvoorbereiding als je daar nog niet aan toe was gekomen.