Les 4: BMI

• Biologie
• MBO
• Studiejaar 2

Les 4: BMI

Vandaag

- terugblik Alu insert gel elektroforese 

- uitleg kolonie PCR / uitvoeren van kolonie PCR

- pipetteerschema maken

- controle via sleepvraag

- daarna zelf aan de slag: flowchart maken/beschrijven: wat ga je per praktijkles doen? 

Resultaten interpreteren: Alu insert

Gel elektroforese uitgevoerd op 16 mei. Drie mogelijke bandjes:

- Alu insert = 1 bandje van 722 bp.

- Geen Alu insert = 1 bandje van
416 bp.
- Heterozygoot = 2 bandjes van
722 als 416 bp 

Upload een foto van je gel van 16 mei 2025.

Kijk naar je eigen bandjes. Hoeveel bandjes zie je, en op welke hoogte zitten die?

Wat kun je concluderen uit je gel?

Ik heb twee bandjes dus ik ben heterozygoot

Ik heb één bandje van 722 en ben homozygoot voor Alu insert

Ik heb één bandje van 416 bp en ben homozygoot voor géén Alu insert.

Ik zie geen bandjes, dus ik kan het niet goed concluderen.

Wat heb jij geleerd van je analyse van de Alu insert?

Praktijkles 6 juni

- Restrictie enzym analyse en agarose gel voor PTC2

- kolonie PCR inzetten

Leerdoel kolonie PCR

• Je kan uitleggen wat een kolonie PCR is en welke stappen hierbij betrokken zijn.
• Je kan een kolonie PCR uitvoeren.
• Je kan kan op basis van de PCR resultaten bepalen met welke kolonie je te maken hebt.

Wat denk jij dat een kolonie PCR is?

Kolonie PCR

• Bacterie kolonie aanprikken en direct een PCR erop uitvoeren 

Kolonie PCR

• Snel: je hoeft het DNA niet eerst te isoleren.
• Gemakkelijk: voeg direct de PCR-componenten toe aan een beetje van de bacteriekolonie en start de PCR.
• Voordelig: je hebt geen dure DNA-isolatiekit nodig.

Wat is het voordeel van een kolonie PCR ten opzichte van een normale PCR?

Kolonie PCR: in de praktijk

Waar gaan jullie PCR op doen?

Per PCR mix.

Je maakt 2 PCR
mixen:

1 voor pGLO

1 voor pGFP

Hoeveel PCR reacties heb je per PCR mix?

1. 4
2. 5
3. 6
4. 7

Waarom maak je twee PCR mixen voor twee verschillende DNA'tjes?

Waarom maak je twee PCR mixen voor twee verschillende DNA'tjes?

Forward en reverse primer is anders bij beide DNA'tjes, omdat ze andere nucleotide volgorde hebben.

Wat deed een primer ook alweer?

1. Het verlengen van DNA-strengen
2. Het knippen van DNA op specifieke plekken
3. Het verwijderen van RNA-fragmenten
4. Het starten van DNA-synthese door een bindingsplek te bieden voor Taq-polymerase

Voor één PCR-reactie maken we 25 µl van de mix (Taq, primers, PCR buffer). Om voldoende volume te hebben en rekening te houden met pipetteerfouten, wordt de PCR-mix bereid voor 8 reacties. Hoeveel µl PCR-mix moet er in totaal worden klaargemaakt?

1. 25
2. 250
3. 200
4. 150

Pipetteerschema voor PCR mix 1: pGLO

Pipetteerschema voor PCR mix 2: pGFP

Aan de slag

Wat? Maak een pipetteerschema voor de PCR mixen 1 en 2.

Hoe? Dit doe je individueel, bij hulp vraag je het eerst je buurman/buurvrouw. Daarna vraag je het aan mij.

Hoelang? 10 minuten.

Uitkomst? Je bent klaar met pipetteerschema en weet daarna hoe je het moet invullen.

Klaar? Maak een flowchart (of beschrijving) wat je per praktijkles gaat doen: dus, wat doe je op 6 juni en wat doe je op 13 juni? 

Sleep de µl naar de juiste component voor de PCR mix voor pGFP (voor 8 reacties dus!)

Reverse primer pGFP

Forward primer pGFP

PCR buffer

Taq polymerase

dNTPs

MgCl

10 µl

10 µl

1 µl

1 µl

8 µl

20 µl

Is het aantal µL voor de PCR mix (dus voor 8 reacties) van pGLO hetzelfde?

1. Ja
2. Nee

Aan de slag: flowchart

Wat? Maak een flowchart (of beschrijving) wat je per praktijkles gaat doen: dus, wat doe je op 6 juni en wat doe je op 13 juni? 

Hoe? Dit doe je individueel, bij hulp vraag je het eerst je buurman/buurvrouw. Daarna vraag je het aan mij.

Hoelang? De hele les, op de laatste 5 minuten na.

Uitkomst? Je bent klaar met de flowschema/beschrijving en je hebt deze naar mij gestuurd.

Klaar? Lees alvast de praktijkvoorschrift door voor de kolonie PCR.

Leg nu in je eigen woorden uit hoe je de kolonie PCR gaat uitvoeren (dus: jij, niet ChatGPT ;)).

Wat heb je geleerd tijdens deze les?