Les 2 Praktijk PCR 1

• Biologie
• MBO
• Studiejaar 2

Les 2 Praktijk PCR 1

Vandaag:

- terugkoppeling NanoDrop

- uitleg PCR experiment

Eerst zelf aan de slag.

Wat? Vul eerst de Google sheet in die ik naar jullie heb gestuurd. Wat zijn je DNA resultaten? Bespreek daarna met je klasgenoot. Gebruik hiervoor de vragen die ik heb uitgedeeld.

Hoe? Eerst individueel, daarna samen.
Hoelang? 5 minuten.
Uitkomst? Jullie hebben samen gereflecteerd op jullie resultaten.

Klaar? Lees alvast de voorschrift "PV92 Alu repeat". 

260/280 en 260/230 ratio.

Leerdoel PV92 Alu repeat

• Je kan uitleggen wat Alu-transposons zijn en hoe ze genetische variatie veroorzaken bij mensen.
• Je kan een PCR-techniek uitvoeren en begrijpen hoe de aanwezigheid van een Alu-insert in het DNA resulteert in verschillende lengtes van PCR-producten.
• Ja kan de frequentie van het Alu-insert in verschillende bevolkingsgroepen vergelijken en begrijpen hoe deze informatie gebruikt kan worden om genetische afstamming te onderzoeken.

Wat gaan we onderzoeken?

Kijken of het Alu insert aanwezig is in je genoom; op plek PV92.

Wat is een Alu insert?

Een gen dat kan springen naar een ander locatie in het genoom. Een "cut-and-paste" mechanisme.

Welke resultaten kan je verwachten?

- Alu insert = 722 bp.
- Geen Alu insert = 416 bp.
- Zowel 722 als 416 bp? 
Dan ben je heterozygoot. 

Welke resultaten kun je verwachten?

Aanwezigheid van Alu insert is afhankelijk van je afkomst. Elk bevolkingsgroep heeft een andere percentage van de aanwezigheid van de Alu insert in hun bevolking.

Het experiment

1. Instellen van PCR apparaat:
Pascal & Zeeshan 
2. Pipetteer volgens pipetteerschema

LET OP: 30 mM ipv. 25 mM MgCl.

LET OP: Als een na laatste DNA pipetteren,
Taq polymerase vlak voordat je het in PCR
apparaat zet.

Voorbeeld samen berekening DNA

Concentratie DNA = 8,4 ng/µl.

We hebben 15 ng nodig.

15 / 8,4 = 1,8 µl nodig.

Bereken nu hoeveel je nodig hebt van je eigen DNA.

Aan de slag

Neem de pipetteerschema over en bereken hoeveel je nodig hebt van de rest van de stoffen. Probeer dit eerst zelf en vraag daarna evt. je klasgenoot voor hulp. Je krijgt hier 10 minuten voor.

Wat gebeurt er als er een Alu-insert aanwezig is op het PV92 locus?

1. Je krijgt een PCR-product van 416 bp
2. Je krijgt een PCR-product van 731 bp
3. Er is geen PCR-product zichtbaar

Wat verwacht je als je kijkt naar de tabel hiernaast? Heb je wel of geen Alu insert?

Hoeveel µl van 30 mM MgCl voeg je toe om een concentratie te krijgen van 1,5 mM in 50 µl?

1. 20
2. 2,5
3. 25
4. 2

Hoeveel µl van 2 mM dNTPs voeg je toe om een concentratie te krijgen van 0,1 mM in 50 µl?

1. 20
2. 2,5
3. 25
4. 2

Wanneer voeg je je Taq polymerase toe aan je PCR mix?

1. Als allereerste
2. Als allerlaatste, net voordat je hem in de PCR apparaat doet
3. Pas als de PCR apparaat runt
4. Voordat je je DNA toevoegt