Ruimtelijke structuur speelt ook een belangrijke rol bij isomerie. Je kent al de
structuurisomerie: zelfde molecuulformule, maar de
atomen zitten in een
andere volgorde aan elkaar verbonden. Bijvoorbeeld 1-fluorpropaan vs. 2-fluorpropaan.
Het kan ook zijn dat verschillende moleculen dezelfde molecuulformule hebben én dat de atomen in dezelfde volgorde aan elkaar verbonden zijn (zeg maar "dezelfde structuurformule"). Toch verschillen ze in ruimtelijke bouw. We noemen dit stereoisomerie. We kijken nu naar de eerste vorm hiervan: cis/trans-isomerie.